La colonoscopia virtual difiere de la colonoscopia convencional. En la colonoscopia convencional se usa un instrumento largo llamado colonoscopio que se introduce por el recto y recorre todo el intestino grueso. En la colonoscopia virtual no se requieren sedantes ni se utiliza ningún colonoscopio. Es imprescindible que los intestinos estén completamente vacíos y limpios para el examen, por lo que la preparación es rigurosa. Se administran enemas de limpieza, no se tomen alimentos sólidos durante 2 ó 3 días antes, y se hace una preparación de laxantes para la limpieza del colon hay que beber muchos líquidos 2 ó 3 días antes del estudio.